Population Genetics with R
Lýsing:
Population genetics is an inherently quantitative discipline, yet often focuses upon abstract concepts which can be difficult to conceptualize and appropriately visualize at first glance. This book focuses on applying the hugely popular R software specifically to the field, offering an accessible, step-by-step guide to tackling the challenges of achieving effective data interpretation and summary.
The authors adopt an engaging "learning by doing" approach that will enable readers to develop an intuitive understanding of key population genetics concepts through the use of R. Beginning with the groundwork of installing and using R (including CRAN and the RStudio IDE), the book works through the use of basic commands for data manipulation. An introduction to basic terminology in population genetics follows, clearly explaining how these fundamental assumptions can provide insights and form basic inferences for real populations.
The focus then moves onto statistical tests including writing and running algorithms as functions. Subsequent chapters examine genetic variation, adaptation, and natural selection as well as different approaches to population differences. Importantly, the accompanying set of practical exercises demonstrate that implementing all of these concepts via programming can actually help greatly in understanding them, even if they may at first seem insurmountably complex.
Finally, this accessible textbook points the way forwards to other key concepts that are important to understanding modern day population genetics research (in particular coalescent theory) and offers the reader useful launching points for further learning. Population Genetics with R is aimed at students ranging from undergraduate to postgraduate level in the fields of population genetics, ecology, evolutionary biology, conservation genetics, computational biology, and biostatistics.
Annað
- Höfundar: Áki Jarl Láruson, Floyd Allan Reed
- Útgáfudagur: 2021-02-25
- Hægt að prenta út 2 bls.
- Hægt að afrita 2 bls.
- Format:Page Fidelity
- ISBN 13: 9780192565037
- Print ISBN: 9780198829539
- ISBN 10: 0192565036
Efnisyfirlit
- Population Genetics with R: An Introduction for Life Scientists
- Copyright
- Acknowledgements
- Contents
- Untitled
- 1: Learning through Programming
- 1.1 Introduction
- 1.2 Organization
- 2: Downloading and Installing R
- 2.1 Introduction to R
- 2.2 Working directories and saving
- 3: Basic Commands in R
- 3.1 Input and calculations
- 3.2 Assigning objects to variables
- 3.3 Parts of a function
- 3.4 Classes of objects
- 3.5 Matrices
- 4: Allele and Genotype Frequencies
- 4.1 Introduction to population genetics
- 4.2 Simulating genotypes
- 4.3 Calculating allele frequencies from datasets
- 5: Statistical Tests and Algorithms
- 5.1 Deviation from expectations
- 5.2 Extending to more than two alleles
- 5.3 Blood types and allele frequencies
- 5.4 Expectation Maximization algorithm
- 6: Genetic Variation
- 6.1 Genetic drift and evolutionary sampling
- 6.2 Variation over time
- 6.3 Quantifying variation
- 6.4 Equilibrium heterozygosity and effective population size
- 6.5 Overlapping generations
- 7: Adaptation and Natural Selection
- 7.1 Positive selection
- 7.2 Adaptation, diploidy and dominance
- 8: Population Differences
- 8.1 Quantifying divergence
- 8.2 Relative likelihood of the population of origin
- 8.3 DNA fingerprinting
- 9: Pointing the Way to Additional Topics
- 9.1 The coalescent
- 9.2 Tests of neutrality
- 9.3 Linkage disequilibrium
- 9.4 Deleterious alleles
- 9.5 Fixation probability under selection and drift
- 9.6 Selfish genes
- 9.7 Broadening the models
- 9.8 R packages
- References
- Index
UM RAFBÆKUR Á HEIMKAUP.IS
Bókahillan þín er þitt svæði og þar eru bækurnar þínar geymdar. Þú kemst í bókahilluna þína hvar og hvenær sem er í tölvu eða snjalltæki. Einfalt og þægilegt!Rafbók til eignar
Rafbók til eignar þarf að hlaða niður á þau tæki sem þú vilt nota innan eins árs frá því bókin er keypt.
Þú kemst í bækurnar hvar sem er
Þú getur nálgast allar raf(skóla)bækurnar þínar á einu augabragði, hvar og hvenær sem er í bókahillunni þinni. Engin taska, enginn kyndill og ekkert vesen (hvað þá yfirvigt).
Auðvelt að fletta og leita
Þú getur flakkað milli síðna og kafla eins og þér hentar best og farið beint í ákveðna kafla úr efnisyfirlitinu. Í leitinni finnur þú orð, kafla eða síður í einum smelli.
Glósur og yfirstrikanir
Þú getur auðkennt textabrot með mismunandi litum og skrifað glósur að vild í rafbókina. Þú getur jafnvel séð glósur og yfirstrikanir hjá bekkjarsystkinum og kennara ef þeir leyfa það. Allt á einum stað.
Hvað viltu sjá? / Þú ræður hvernig síðan lítur út
Þú lagar síðuna að þínum þörfum. Stækkaðu eða minnkaðu myndir og texta með multi-level zoom til að sjá síðuna eins og þér hentar best í þínu námi.
Fleiri góðir kostir
- Þú getur prentað síður úr bókinni (innan þeirra marka sem útgefandinn setur)
- Möguleiki á tengingu við annað stafrænt og gagnvirkt efni, svo sem myndbönd eða spurningar úr efninu
- Auðvelt að afrita og líma efni/texta fyrir t.d. heimaverkefni eða ritgerðir
- Styður tækni sem hjálpar nemendum með sjón- eða heyrnarskerðingu
- Gerð : 208
- Höfundur : 16909
- Útgáfuár : 2021
- Leyfi : 380
